最后一周|微生物组-扩增子16S分析第10期(报名直播课免费参加线下2020.12)_生信宝典

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程和转录组的线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课 。期待和大家的线上线下会晤。

目前可以通报的信息：

• 转录组线上直播时间：2020/11/27-2020/11/29

• 宏基因组线上直播时间：2021/01/22-2021/01/24

• 扩增子线上直播时间：2020/12/04-2020/12/06

• 报名链接：http://www.ehbio.com/Training/

在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在北京于2020-12-2到 2020-12-4推出《扩增子16S分析》专题培训第10期（线上课和线下课程同步开通），为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子分析实战学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+集中讲解答疑+上课视频回看反复练习)，“教—练—答—用”四个环节统一协调，真正实现独立分析大数据。

关于学习生物信息学分析的重要性，请阅读《生物信息9天速成班—成为团队中不可或缺的人》。

课程简介

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。成立两年，分享专业技术原创文章2100+篇，关注人数94,000+，累计阅读量16,000,000+。

请详细阅读课程简介，如果以下内容您全精通，不必参加此培训。

本课程一共3天，每天6节课，共18节课，全部课程均理论与实战结合(只要课上讲的内容，都是要带你亲自实现的分析)。从分析平台搭建、Linux和R基础、图表解读和绘图实战、扩增子分析标准流程、功能预测、差异统计分析以及各类高级分析(进化树、网络、环境因子、随机森林、Adaboost和来源追溯等)，和CNS级图片编辑和排版。3天时间，老司机带您完成自学需要3个月甚至是3年的崎岖之路，助力您真正玩转扩增子分析。

课程大纲

每节课1小时一个主题，理论结合实战，学懂原理，实战操作，全是老司机多年经验和代码的无私分享。下面是课程安排，如11代表第一天第一节课，26代表第二天第六节课，41为两周后的线上集中视频答疑。

教程内容简介如下：

一、生信基础知识和技巧

还在为没有Linux服务器而无法分析扩增子数据而苦恼吗？其实你的个人电脑就是扩增子分析的利器。易生信团队独创实现了跨平台的分析流程，在大家的Windows笔记本上可以轻松实现扩增子领域的绝大多数分析，第一节课带你轻松在自己的本本上搭建数据分析平台。

图1. 易生信首创基于Win10优化的扩增子分析流程，笔记本秒变大数据分析平台

推荐使用Windows10系统，8G及以上内存分析更流畅。 我们也会分享给大家在Linux上配置整个分析流程的代码 (Mac跟Linux类似，无须区别对待，但部分软件可能安装方式不同，未做深入测试，不建议参加培训时使用）。

同时讲解生物学家必要掌握的Shell和R语言基础知识，保证你高效、稳定的使用扩增子分析平台。

图2. Shell和R学习大纲，首创Rstuio中鼠标点击可完成Shell脚本和R语言分析，既打开生信的大门，又不会增加生物学家时间成本

二、图表解读和绘制

针对很多老师缺少系统的生信背景，看不懂分析文章图表，更对绘制各式图表手足无措。

我们推出过如下两个系列，共16篇原创文章，对8种图形进行讲解和R语言绘图。

• 扩增子图表解读-理解文章思路

• 扩增子统计绘图-冲击高分文章

但这些只是入门，在培训上，我们将结合发表高水平文章，进一步讲解16种常用分析图型结果的原理和使用范围，让您不仅读懂图，更知道如何应用于自己的研究，并亲自轻松完成绘图。

针对大家使用R语言绘图学习时间成本较高的问题，易生团队针对常用16种图开发了免费绘图网站，一键出图，更可鼠标点选参数修改图形的个性样式。

图3. 16种常用图形的绘制。可使用我们的在线绘图工具实现。

为了让各种统计图片实现出版级的组图，特开设了一节Adobe Illustrator修图排版课，讲述基本使用技巧，轻松掌握精髓，让你文章图版档次向CNS看齐，轻松成为实验室的修图和拼图达人。

图4. AI排版本子图为CNS出版级组图示例(Science, 2016封面文章)

三、扩增子基础和分析流程

图5. 典型的扩增子结构模型图

• 扩增子背景知识

• 扩增子分析流程

之前我们发布了基于QIIME(引用21000+)+USEARCH(引用12000+)组合的史上最详细中文扩增子分析流程，累计阅读10000+。

• 扩增子分析流程-把握分析细节

同时在2017年推出了2018年正式接档QIIME的最新流程QIIME2的官方中文帮助文档，累计阅读5万+。

• QIIME2中文教程-把握分析趋势

想使用QIIME和QIIME2的小伙伴可直接点击上方链接学习。课上也会带大家用服务器操作，分享最新私人定制流程。

但上面两种分析流程仍有很多缺点，如需要Linux服务器，安装和操作复杂，学习时间成本过高等不足。

易生信团队组织宏基因组、生信宝典的一线生信专家，为广大生物学家，定制了一套安装部署简单、鼠标点击编程、支持主流操作系统、学习成本低、又灵活的扩增子分析流程，助力生物学家轻松分析数据，更专注生物学现象的挖掘。

图6. 扩增子分析流程金字塔，数据量从下向上逐渐减少

• 扩增子流程如下：

现在你可以在自己笔记本或台式机上轻松分析扩增子啦！并且支持最新的去噪生成ASV方法，想自己亲自分析的朋友，快来北京参加扩增子专题培训班吧！

图7. 常用宏基因组统计作图软件STAMP & LEfSe

引用过千次的STAMP绘制Extended barplot大家应该很常见，带你半小时速成。LEfSe引用超4000+次，它的柱状图和圈图随处可见，但服务器超级难用，即上传痛苦，又要久等。我们为学员定制了国内专享服务器，随时为你服务。有服务器的伙伴还可以获得安装和使用的教程，在自己的服务器上可重复计算，不受网络和地域限制自己随时随地使用。

四、可重复计算和统计绘图

对于可重复计算要求比较高、对细节有进一步分析要求的学员，我们还会教大家当前最顶级的R语言统计分析框架，让你零基础轻松实现可重复计算，满足顶级文章的代码公开和网页可重复要求(这些资源在生信公司是价格几十万的绝密流程代码，一般人是没有机会见到的)。

图8. 数10种高质量图的R源代码实现可重复计算

在自己电脑上轻松修改输入文件、参数。可全程记录分析过程，保证从数据到发表级图形的可重复计算，让团队分析水平上升到大牛级别。

五、功能预测和机器学习

学习PICRUSt分析原理、常用结果展示样式及文章解读。实战进行官网、本地、在线分析，并对结果进行整理，方便STAMP、LEfSe以及R分析。下图为预测结果经STAMP快速分析的结果展示，学员可以在老师带领下35分钟内完成以上分析。

图9. 功能预测结果使用STAMP统计和可视化

对于不满足用KEGG功能预测和统计结果的小伙伴，我们还进一步讲解FAPROTAX (2016, Science)的分析，适合研究环境、元素循环的同行；此外还有BUGBASE分析，实现细菌代谢、厌氧性、革兰氏分类等表型预测，适合医学领域的同行使用。

图10. 重现两篇Nature文章机器学习分类和回归分析

上图：Wilck-2017-Nature，采用Adaboost进行分类和测试集验证准确率。下图：Subramanian-2014-Nature，采用随机森进行回归、交叉验证、测试集检验模型准确率和热图展示特征OTUs时间序列变化。高分文章离我们并不是遥不可及，在你的本本上，1个小时轻松重现每一个子图的分析和绘制。读懂这两类分析的结果。

六、网络和环境因子分析

图11. 两组网络比较、以及网络属性比较(Wang-2018-Gut)

还以为随便画个网络就能当文章的主图吗？这个时代早已成为历史。现在的高分文章，至少要求多网络比较，标配网络属性比较。在这里有微生物所微生物网络研究方向的博士，带你进入网络的世界，四步走实现即美观又有意义的网络分析：读懂网络——绘制单个网络——绘制多个网络——网络属性比较及可视化。这么前沿的技术，估计世界范围内只有这里会教你。

图12. 环境因子分析(Metcalf-2016-Science)

环境因子分析是很多研究的标配，常用的Vegan包引用过万次就知道它的重要性。但平时看到的图不是低分文章，就是不够美观。易生信团队精选Rob Knight团队2016年Science杂志中经典环境因子分析为例，让你的分析和可视化一步到位，向CNS看齐。

往期精彩回顾

主讲教师

主讲老师包括中科院微生物所、遗传发育所、基因组所、生物物理所等多名本领域一线技术专家。

刘永鑫 中科院遗传发育所 工程师

刘永鑫，博士。2008年毕业于东北农业大学微生物学专业，2014年于中国科学院大学获生物信息学博士学位，2016年中科院遗传发育所博士后出站留所任工程师。目前主要研究方向有微生物组数据分析、方法开发和科学传播。目前以第一作者(含共同)或微生物组数据分析负责人在Science、Nature Biotechnology、Cell Host & Microbe 等杂志发表论文20余篇，引用千余次。作为中国唯一单位代表参与微生物组分析平台QIIME 2开发。受邀以第一作者和/或通讯作者(含共同)在Protein & Cell、Current Opinion in Microbiology、遗传 等杂志发表微生物组研究方法综述。2017年7月创办“宏基因组”公众号，目前分享本领域相关原创文章1800余篇，代表作品有《微生物组图表解读、分析流程和统计绘图》、《QIIME2中文教程》等系列，关注人数9万+，累计阅读1400万+。

陈同 易汉博基因科技 CEO

陈同，博士，2015毕业于中科院遗传与发育生物学研究所，生物信息专业博士，在Cell Stem Cell(IF=23.2，第一作者兼封面文章)、Nucleic Acids Research X 2、Protein & Cell、Stem Cells and Development 等高水平杂志以第一作者或主要作者发表文章，运营有数万人关注的《生信宝典》微信公众号，给你不一样的学习生信体验。

周欣 中科院微生物所 博士后

周欣，中科院微生物所硕博连续博士，在站博士后，曾在加拿大农业与农业食品部-渥太华研究发展中心微生物生物信息研究组联合培养一年。熟悉高通量扩增子和宏基因组数据的处理及下游差异统计分析工作。目前主要研究方向为植物病害（土传病害）相关的微生物组学研究。在宏基因组公众号发表《再这么配培养基，你的细菌都被毒死了！》、《VSEARCH操作实战-免费使用价值万元的USEARCH》、《iTOL快速绘制颜值最高的进化树！》等。

助教团队

十余名中国科学院、清华、北大博士(含在读)，轮值讲师和助教，辅助学员学习和矫正培训过程中不足的点。

授课模式

本课程以讲解流程和实际操作为主，采用独创四段式教学：

• 第一阶段 3天集中授课；

• 第二阶段 自行练习2周；

• 第三阶段 在线直播答疑；

• 第四阶段 培训视频继续学习；

• 实现教-练-答-用四个环节的统一协调。

培训时间

2020-12-2到 2020-12-4(线上/线下同步开放)每天早9点到晚6点，半封闭式教学 (最后1小时为集中讨论时间，最后一天会稍微提前一些，多留出时间讨论，也方便老师乘车返回)报到时间：上课当天

授课地点

北京市西城区鼓楼西大街41号院1号楼223

线上为腾讯会议

课程价格

1. 开课两周前报名 4500 元/人 (住宿自行解决，提供培训期间午餐)

2. 名额有限，每次课程报名满40人后自动关闭报名通道

3. 提供易汉博基因科技实习机会或工作机会

注意事项 *

1. 需自备笔记本电脑。推荐使用win10系统，4G以上内存。如果使用其它操作系统，以培训软件能安装运行为主。

2. 课程实践根据需要会提供云计算平台。

3. 培训班所有数据，文档为内部资料，仅供参阅，未经允许不得翻印外传登刊。

4. 上课期间禁止录音，录像。

5. 成功付款的学员，若临时有紧急事情不能到来的，可申请延期，更换后续培训班；也可申请退款。

6. 若临时有事不能参加，请提前联系。开课前两周退报，预付款全退。开课前两周内，预付款退800元，开课前一周内，预付款退500，开课前两天，预付款不退。

7. 不可先延期再退款。

更多课程的详细介绍，请扫描下方二维码。

易生信同时推出多门相关课程，连报优惠——同时选2门课，95折；三门课9折，4门及以上85折。还可与团购同时优惠！推荐扩增子(入门)+宏基因组(进阶)按顺序学习，祝你分析水平更上一层楼，成为实验中不可或缺的人，赶快报名吧！。

访问 http://www.ehbio.com/Training/ 或点击阅读原文跳转报名页